这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作……本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。

在这个灰暗宁静的城市里，住着一群生长着灰色羽翼的孩子们，有一个名为“灰羽联盟”的机构在暗中庇护着他们不受到外界侵扰，就这样，沉默的孩子们每一天都过着平静的日子。他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要永远的生活在这栗城里，他们就会是安全的。这一天，孩子们迎来了他们新的成员落下（广桥凉配音），作为前辈，空（矢岛晶子配音）、光（折笠富美子配音）和砾（野田顺子配音）怀着喜悦的心情接受了她的到来。而这仅仅是故事的开始，慢慢的，当这些善良单纯的孩子们知道了一切的真相，她们还能够展开灰色的翅膀离开栗城，飞向天空吗？

这一天，班上转来了两个学生，一个是跳级生美滨千代（金田朋子配音），她拥有着和可爱外表完全不匹配的天才级智商，以及同智商完全不匹配的情商。另一个叫春日步（松冈由贵配音），她倒是表里如一的迟钝和呆萌。很快，她们便和同学们打成了一片。泷野智（樋口智惠子配音）人称阿智，争强好斗的同时，却有着意外的单纯和天真。外表冷静成熟的榊（浅川悠配音）对世上一切可爱的东西抵抗力为零。水原历（田中理惠配音）是阿智的童年玩伴，成绩优秀的她毫无疑问的成为了阿智的挑战对象。再加上一个活宝班主任谷崎由佳里（平松晶子配音），这三年的高中生活一定会多姿多彩的。动画片由漫画家东清彦的同名四格漫画改编，用过描绘女子高中生的日常，展现了一个可爱温暖，妙趣横生的世界。

有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个世界，一个充满未知却仿佛故里的地方。那里有十二个国家，由十二只麒麟选出十二名国王。麒麟生于失身木，他们顺从天意选出具有王气的人，然后以台辅的身份辅佐国王治理国家。当国王失道的时候，麒麟就会得失道之病最终死去。带走阳子的金发男子即是庆国的麒麟，他认定阳子是王，并誓死效忠。阳子的世界发生翻天覆地的变化，历经磨难和内心的挣扎，她最终站在登基塔上接受了天赦，成为景王！

故事发生北宇治高中，黄前久美子（黑泽知叶配音）刚刚踏入校园，对于未知的高中生活，久美子充满了憧憬。加藤叶月（朝井彩加配音）是久美子的同级生，在叶月的极力劝说之下，耳根软的久美子在半推半就之下加入了学校的吹奏乐部。曾经，吹奏乐部有着十分辉煌的历史，然而，在换了顾问之后，吹奏乐部渐渐落寞，如今，音乐老师泷升（樱井孝宏配音）作为新的顾问新鲜赴任，他对重振吹奏乐部，进军全国大会有着极大的信心。个性乐观开朗的川岛绿辉（丰田萌绘配音）、理智冷静的高坂丽奈（安济知佳配音）、大姐头田中明日香（寿美菜子配音），在这些前辈们的陪伴和指导之下，久美子快乐的高中生活就此拉开序幕。

在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。日复一日的寻常生活让兰顿感到十分压抑，只有一件事情能够激起他的兴趣，那就是在青年之中十分流行的“滑空”运动。兰顿十分仰慕滑空天才霍兰德（藤原启治配音），一直希望能够加入他的组织“月光洲”。某日，一位名叫优莱卡（名冢佳织配音）的神秘女孩驾驶着一架故障的LOF从天而降落到了兰顿的家中，随后，军队赶到，似乎在对优莱卡进行追捕。兰顿凭借着自己的勇气和实力战胜了军队，并因此而获得了加入月光洲的机会，少年平凡的命运就此改变。

天上欧蒂娜（川上伦子配音）从小就失去了父母，某日，她遇见了一位英俊的王子，王子交给了欧蒂娜一枚戒指，告诉她这枚戒指或许能够使他们在遥远的未来再次相遇。王子英俊的身姿和温柔的话语在欧蒂娜的内心留下了深刻的印象，她希望自己最终也能如此优雅。在戒指的指引下，欧蒂娜进入了凤学园就读，在这里，流行着名为一个王子游戏，在决斗中获胜的一方可以得到“蔷薇新娘”姬宫安茜（渊崎有里子配音），成为她的支配者。西园寺荚一（草尾毅饰）是安茜目前的主人，然而，欧蒂娜最终将他打败，得到了安茜，随着时间的推移，欧蒂娜和安茜之间产生了深厚的情义。

在负责押送尸魂界王族秘宝“王印”的途中，一股神秘力量突然袭来，十番队虽奋力反击，却终究丢掉秘宝，日番谷冬狮郎（朴璐美配音）也在阵前莫名逃亡。不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一配音）从二番队队长碎蜂口中得知始末，之后遇见并救助了体力不支倒地的日番谷，继而得知袭击护送队伍且与日番谷交手的是一个早已死掉的死神草冠。这两个人当年曾是莫逆之交，他们的关系也让袭击事件变得扑朔迷离。日番谷的暧昧态度零十番队遭受软禁处罚，而草冠的背后有隐藏着怎样的势力和秘密？本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第二部剧场版。

在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。然后，瀞灵廷被破坏了。露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前出现了某个影子。那个影子向露琪亚斩下镰刀，露琪亚的身体（心）之中像是有什麼东西消失了……同时，现世中感觉到异变的一护去找浦原。一护从浦原那裏听到了「瀞灵廷被破坏」的消息，便和魂一同去尸魂界。在崩坏的净灵廷中等待著一护的，是消除了和一护相关记忆的恋次等人。不仅仅是一护的事情，连露琪亚的事情都消失了。在死神面前虚化的一护，被当成了破坏净灵廷的犯人追杀……。尸魂界里到底发生了什麼？谜之两个黑影的真实身份是？露琪亚去了哪里？一护孤独的战斗开始了……。

“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A’s）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForceII（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。