16岁的九头龙八一是史上最强的职业棋士，身负将棋界最高荣誉的「龙王」头衔。有一天，热爱将棋的小学生雏鹤爱出现在八一的面前，并声称八一答应过要收她为徒，但八一却完全不记得有这回事。在与小爱相处的期间，八一不仅发现了她在将棋方面的惊人天赋，他自己对职业将棋的热情也渐渐重燃。

圣剑“Excalibur”。以不列颠的统治为目标，为了确定王而准备的选定之剑。拔出此剑之人将被称作“亚瑟”，并获得强大的力量。但，拔出Excalibur的不止一人。随着力量的大量产生，传说发生泛滥，并引发历史的歪曲。为了将历史导向正轨，被称为团长、铁拳、山猫、阁下、炼金、流浪的六位亚瑟，降临到过去之地“不列颠”。他们的使命，是将歪曲历史的Excalibur全部折断。其数量，约有100万。这是，对过去的叛逆。以及，守护未来现在的战斗——。

故事发生在一间名为达利亚学园的寄宿学校之中，这所学校矗立在孤岛之上，绝非外人轻易能够抵达。达利亚学园分为两派——东和国派与西众公国派，实际上，这两个国家之间正在进行战争，因此，两国的学生就读在同一所学院之中，气氛可谓是十分的紧张。东和国的学生与西众公国的学生都有着他们专属的公寓，而犬冢露壬雄（小野友树配音）和朱丽叶（茅野爱衣配音）分别是两个国家学生之中的两名领袖人物。然而所有人都不知道的是，这两个人表面身份敌对剑拔弩张，实际上却是秘密恋爱的地下情侣，这一层关系一旦被别人知道，整个学校就将陷入混乱之中。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level0”到“超能力Level5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手ImagineBreaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

岩谷尚文（石川界人配音）是一个内心里充满了正义感的青年，对世界上发生的很多不公平的事情都深感愤怒。一次偶然中，他被传送到了异世界里，成为了能够使用各种各样不同功能的盾牌的盾之勇者。本以为可以就此展开伸张正义的旅途，哪知道刚刚过去几天，他就经历了战友的背叛，而且丢掉了所有的财物。尚文发誓再也不要信任这个世界里的任何人了。就在这个节骨眼上，尚文的面前出现了一位名为拉芙塔利亚（濑户麻沙美配音）的少女，拉芙塔利亚是一名奴隶，尚文决定用金钱来换取忠诚将她买下，在相处的过程中，拉芙塔利亚渐渐爱上了自己的主人。

幸平创真（松冈祯丞配音）出生于料理世家，其父经营着一间家庭餐馆，小小年纪的幸平即将父亲当做了榜样，发誓成为父亲那样的料理家。某一日，父亲找到了幸平，希望他能够进入顶级的料理学校“远月学园”深造磨练，背负着父亲的期许，幸平踏上了旅程。在学校里，幸平结识了名为薙切绘里奈（种田梨沙配音）的少女，这位传说中拥有“神之舌”的傲娇少女，竟然将幸平所作的料理判定为“不合格”。外表热情开朗内心极有城府的一色慧（樱井孝宏配音）、拥有孱弱身体和强大头脑的丸井善二（小林裕介配音）、活泼开朗的吉野悠姬（内田真礼配音），与这些“同行”交流着，竞争着，幸平还有很长的路要走。

远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。

小奏露子（加隈亚衣配音）是一位个性十分普通的女子初中生，个性有些害羞和软弱的她来到了新的城市入读了新的学校，正在为自己能否交到朋友而苦恼着。哥哥小凑步（石谷春贵配音）发现了妹妹的困扰，于是将名为“WIXOSS”的卡牌给了妹妹，希望妹妹能够通过游戏来收获友谊。让露子没有想到的是，当她拿出了主牌“LRIG卡片”时，卡片上的立绘少女小玉（久野美咲配音）竟然来到了现实之中，不仅如此，露子的同班同学红林游月（川澄绫子配音）还向露子提出了对战的请求。原来，在LRIG卡片的拥有着之间，存在着旷日持久的战争，最终胜利的人，就能够成为传说中的梦限少女。