故事发生在一个虚拟的奇幻世界之中。在这里，相对应的两人将手牵在一起，所产生的心灵连结“宁录”能够成为拥有着强大力量的武器。在传说中，这个世界上存在着掌控着一切的神，只要将神打败，就能够实现内心最强烈的愿望。长久以来，握手者们都将打败神作为目标，不断地战斗着，而一切因果的汇聚点就在大阪。高槻手纲（齐藤壮马配音）是对机械十分着迷的男子高中生，一次偶然中，他在研究室里邂逅了昏睡中的少女芥川小代理（诸星堇配音）。手纲牵住了小代理的手，想不到小代理竟然从昏睡中醒来，两人成为了搭档。

2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。契约之时，希望被托付给了他们——

故事讲述了青梅竹马之间、学生会长与不良少女之间、前辈与后辈之间、同学之间等多种不同角色的恋爱群像剧。

19岁的多田万里（古川慎配音）只身赴东京读大学，入学当日遇到同样是法学系新生的柳泽光央（石川界人配音），二人随即成为朋友。此时，一个光芒万丈、引人瞩目的漂亮大小姐出现在二人回校路上，她手持一束玫瑰，突然殴打柳泽。原来她叫加贺香子（崛江由衣配音），是柳泽的青梅竹马，她为人强势，有自己一套完美的“人生剧本“，而剧本的男主角，就是她狂热喜欢着的柳泽。柳泽视她为洪水猛兽，唯恐避之不及，然而还是逃不过她的追随。面对这么一位耀眼的大小姐，看起来平平凡凡的万里，又会与之碰撞出怎么样的青春故事？新大学，新朋友，新住所，对于万里来说，大学生活显得如此新鲜，值得期待。未来的一切，闪着金色的光芒。

15岁的少女铃原泉水子（早见沙织配音）自幼生活在熊野古道玉仓山深处。她性格内敛，不善交际，并且具有令周围电器失灵的体质。即将升入高中的泉水子情窦初开，她悄悄修剪刘海，却不知这将产生怎样无可估量的影响。女孩原本要被安排前往东京的高中求学，但为了尊重其本人意愿，监护人相乐雪政（福山润配音）安排儿子深行（内山昂辉配音）转学至玉仓山栗谷中学，肩负起保护泉水子的重任。原来泉水子作为“冯依”，体内封印着姫神的神秘力量，这种力量使得她称谓各种邪物觊觎伤害的对象。原本性格不合的少男少女，自东京修学旅行的恐慌过后相互理解。在深行的守护下，他们将面临各大的挑战……本片根据荻原规子的小说改编。

黑子哲也及火神大我加入了诚凛高中篮球队。相对于有着绝佳球感的火神，黑子却是一名在场上“几乎没有存在感”的球员。但其实，黑子曾是篮球强校帝光国中篮球队的一员，曾与被称为“奇迹时代”的5位天才并肩战斗，以“梦幻的第6人”的称号活跃在篮球场上。“影”与“光”的二人搭档成为校队主力，带领诚凛高中成功打进了冬季选拔赛，并在选拔赛中击败其他拥有“奇迹时代”成员的各路强队，获得了全国冠军。就在二人升上高二后的那个暑假末尾，由一批18岁左右的美国篮球天才组成的街球队伍“Jabberwock”来访日本，并与日本男篮国家队进行友谊赛。他们以压倒性的实力让日本队惨败，还嘲笑了他们一番。此举激怒了诚凛高中篮球队教练丽子的父亲景虎。这位曾经的日本篮球国手决定集结黑子与火神，以及“奇迹时代”的其他成员，临时组建梦幻球队“VORPALSWORDS”，誓言向“Jabberwock”复仇！一场最激烈的决战，就此打响!

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI世界大会で優勝した10年後、松風天馬はそんな円堂らイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学し、雷門サッカー部に入部。しかし、サッカーは腐敗し、あの頃の熱いサッカーはどこにもなかった。突然、渦巻く暗雲に巻き込まれていく天馬たち。それが悲劇の始まりであった。あの頃のサッカーを取り戻すため、雷門イレブンが雷門サッカー部の監督となった円堂と共に立ち上がる…!

故事发生在私立梦之咲学院中，在这里就读的，都是以成为偶像为目标的男孩们。外表看似冷淡，内心却十分温柔的冰鹰北斗（细谷佳正配音）、个性大大咧咧，拥有着极富感染力的笑容的明星昴流（柿原彻也配音）、看上去非常时髦奔放，实际上和女孩子说话都会害羞脸红的游木真（森久保祥太郎配音）、个性极度怕麻烦，却总被卷入麻烦事件之中的衣更真绪（梶裕贵配音），这四个性格迥异的男孩组成了名为“Trickstar”的偶像组合，每天都在元气满满的进行着训练。在学院中，有着名为梦幻祭的比赛，各个偶像团体在学校里的地位和排名全由这个比赛来决定。

奥莉薇（长江里加配音）是学校里新来的转校生，金发碧眼的她生得一副标准的外国人面孔，但实际上，无论是出生和成长都在日本境内的她，根本就一丁点英语都不会说。野村香纯（小原好美配音）拥有着过人的智商，在几乎全部的学科上都是头筹的位置，但偏偏对英语这门科目不感冒，不只是不感冒，香纯的英语成绩只能用惨不忍睹来形容。奥莉薇的出现让香纯看到了希望，她打算拜托对方帮自己补习英语。本田华子（木野日菜配音）看上去有些呆呆的，常常会做出一些傻事，但成绩却意外的不错，对现充生活充满了憧憬的她，却同奥莉薇和香纯一起，被拉入了游戏的世界之中。

在人类将生活领域和自身欲望扩张到宇宙的时代，寻求自由的人们移民到宇宙中居住，他们的睿智孕育出发达的文明，不知不觉转变为对地球的一种威胁。宇宙历0157年，分离的兄弟重逢于战场，在名为重力的命运指引下，降临大地母亲——地球。由于坠入大气层时遭受重击，斯巴鲁的爱机·杜兰德尔壮烈牺牲。宇宙战舰【提拉米斯】的王牌驾驶员斯巴鲁的悲鸣响彻于残骸之上。――啜泣中的斯巴鲁，身体突然产生异变…！！总窝在驾驶舱内不出来的他竟然出现了驾驶舱戒断症状…