全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。科学vs武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼

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故事发生在砂刑历93年。一艘名为“泥鲸”的漂泊船上，生活着513名居民。他们分为两个种族——拥有超能力的“印族”，以及没有超能力的“无印族”，相比于印族，无印族拥有更长的寿命。某一日，一个名为莉柯丝（石见舞菜香配音）的少女被一位名叫查克罗（花江夏树配音）的少年发现在了废墟之中，当男孩遇见女孩，命运的齿轮开始了转动。莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃（岛崎信长配音）、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼（梅原裕一郎配音）、天真可爱不谙世事的萨米（金元寿子配音），在岛上，每一段相遇都会交织出一段新的乐章。

イギリス・ロンドンにある、夜しか営業していない謎めいた喫茶店「カフェ・フォービドゥン」。イケメン揃いのその店の従業員には、大きな秘密があった。紅茶を愛する吸血鬼、陽気な人狼の料理人、無口なキョンシーのウエイター。そう、彼らは人の社会に暮らす、人ならざるものだったのだ。その「カフェ・フォービドゥン」に、ある日、ひとりの少女が迷い込んでくる。彼女の名は、バイルー・トン。なんと、彼女の曾祖母は「カフェ・フォービドゥン」の初代オーナーで、伝説の術者だった！トンが巻き込まれたトラブルに「カフェ・フォービドゥン」の面々が関わる中、彼女とイケメン従業員たちとの間に様々な絆が生まれていき……。

安昙小太郎（千叶翔也配音）出生在一个传统的日本家庭之中，个性细腻而又温厚的他自幼喜欢读书，暗中希望能够成为一名作家，总而言之是班级中并不起眼的存在。水野茜（小原好美配音）是田径部的种子选手，个性开朗活泼全身上下散发着积极的光芒。这样性格迥异的两人，其生命轨迹被命运推动着联系到了一起。成熟稳重，可靠正直的比良拓海（田丸笃志配音）、温柔坦诚，深受朋友们喜爱的西尾千夏（村川梨衣配音）、严格谨慎，对男生敬而远之的泷泽葵（白石晴香配音）、古灵精怪，令人捉摸不透的山科浪漫（笔村荣心配音），在洋溢着青春气息的校园之中，属于他们的乐章正在谱写。

津场木葵（东山奈央配音）表面看来只是一个平凡的大学二年级女生，实际上从祖父那里继承了能够看见妖怪的力量。祖父过世之后，葵忽然在某一天被召唤到了名为“天神屋”旅馆之中，这座旅馆坐落在妖魔鬼怪聚集的隐世之中。原来，葵的祖父在生前签下了巨额债务，无奈之下只能用葵来还债，答应将葵嫁给天神屋的大老板（小西克幸配音），然而，葵无论如何都不愿意违背自己的心意，于是，她决定留在天神屋，靠打工还债。完美主义者银次（土岐隼一配音）、性格冲动粗鲁，但却每一天都在认真努力的晓（内田雄马配音）、外表冷漠但内心火热的雪女（加隈亚衣配音），和这些妖怪们在一起，葵的日常拉开了序幕。

多田光良（中村悠一配音）是一位平凡的高中二年级学生，祖父经营着一间和他同名的咖啡店。多田的梦想是能够成为一名摄影师，因为这是他已故的父亲的职业，多田希望自己有朝一日能够继承父亲的衣钵。一次偶然之中，多田在街上邂逅了名为特蕾莎（石见舞菜香配音），特蕾莎是一位金发碧眼的德国女孩，来到日本留学。多田帮助了迷了路又与同伴走散的特蕾莎，并将她带到了祖父的咖啡店中，令特蕾莎对他产生了深刻的印象。之后，特蕾莎成为了多田的同班同学，并结识了个性大大咧咧十分喧闹的伊集院薰（宫野真守配音）、脑袋里不知道在想些什么的杉本一（梅原裕一郎配音）等人。

故事发生在车水马龙充满了无数时尚潮流元素的原宿。在这里，有一间名为“PARK”的商店。温柔体贴不善于表达自己的感情的须藤璃都（春奈露娜配音）、极具个性拥有自己的主见不轻易动摇的白子真理（上坂堇配音）和智商超高容易陷进自己的世界之中无法自拔的绵䌷琴子（石见五菜香配音）共同经营着这间商店。让三人没有想到的是，有一天，竟然真的发生了外星人进攻地球的戏码，不仅如此，人类还处于劣势，险些一败涂地。这时，一位名叫丸野美沙（天野心爱配音）的神秘少女出现在了三人的面前，非常热爱原宿风格的她以及三名少女，似乎成为了人类最后的希望。

这是预言哦。你们五人，终会迎来重大的危机。那时，能够保护大家的人是你小时候曾遭到绑架的高中2年级生·堂岛大介，与儿时的好友剀、露、玛丽玛丽、庆作一起，被卷入了不可思议的现象涩谷漂流。涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的未来。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟以及未来人revisions和他们所操纵的巨大机械怪物。不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器提线木偶，并要求他们守护涩谷。绑架事件的恩人米洛的预言守护同伴的命运，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回现在而与未来战斗。一定要回到原本的时代

曾经，这是一个人类和魔法共存的世界，但一场意外的发生令魔法就此消身匿迹，一晃眼就是1000年过去，人类甚至连他们曾经拥有魔法这件事情都给忘记了。小日向满月（岛袋美由利配音）是一名个性活泼开朗的女子高中生，不擅长拒绝的她无论别人拜托什么事情都会满口答应下来，因此在当地人缘非常的好。一天，小日向满月邂逅了一位名叫新月艾尔涅丝塔深海（种崎敦美配音）的神秘少女，看上去冷漠孤傲拒人于千里之外的少女，也被小日向满月的热情给融化了。在新月艾尔涅丝塔深海的带领之下，小日向满月第一次知道这个世界上存在着人偶阿尔玛诺克斯，同时亦得知了魔法并没有完全绝迹的真相。