工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

拥有大量资产的神户家少爷大助前往赴任之处，是仅会接收在警视厅引发问题之人的「现代犯罪对策本部准备室」，通称「现对本部」。大助在那里与重视人情的男人·加藤春组成了搭档。面对连人命都以价钱衡量的大助，加藤以「世上并非只有金钱」加以反驳。而各种各样的事件和谜团，阻挡在这对立的2人面前。超越常识的搜查现在开始——！

讲述了“柱”突然出现在地球上，威胁着各种生命。人类对其束手无策并被逼入绝境，此时成为“奥丁”的神向人类伸出了援手。奥丁将女武神“瓦尔基里”以及成为她们羽翼的英灵机作为反抗“柱”的手段授予人类，并宣言反击。数年后，在人类与“柱”持续战斗的天空中，身披战翼的女武神们以及支援者女武神的男人们，为了拯救世界而拼上性命翱翔天际。日本也不例外，与耸立于灵峰富士的巨大柱对峙的3名女武神。她们每个人都具备强劲的能力，但却都是些问题儿童。此时，一位王牌飞行员因某些缘由从欧洲前来……“来吧，是反击的时候了，人类。终将来临的决战之日——诸神的黄昏已近在眼前。”

自从盖塔射线被发现并作为一种重要的能源被广泛使用以来，人类已经经历了大半个世纪，但是，神秘的外星生物Inventor（来访者）自月面开始侵袭地球，人类濒临危机。于是，人们自发制造了大量的SuperRobot去应战，终于击退了这些怪物。随着早乙女博士的死亡，世界盖塔射线的研究权威机构——早乙女研究所渐渐被废弃，当年杀害博士的元凶，就是原盖塔队队长——流龙马，如今已经被判处无期徒刑，处于监禁中，曾作为战争中拥有最强大力量的盖塔队也就此解散。一日，原盖塔队成员——巴武藏和车弁庆在运送军方重要物资的时候，于山路上再度遇见了消失多时的Inventor，并受到了截击，巴武藏驾驶盖塔三号机应战，酣战多时，中途却被一巨大的机器人攻击，它全身深红，背后生有恶魔的翅膀，它是弑神者——真盖塔。并不知情的武藏被打成重伤，而真盖塔也同时收拾掉了Inventor，强大的力量令人咋舌，而操纵者，竟然是原本应该在３年前死去的早乙女博士。到底是怎么回事呢？Inventor侵攻地球的谜团，盖塔射线的秘密，即将要揭晓了。！

一位来自洛杉磯的妙龄女子竟愿意付出一百万美金雇用他们当保鑣，又传出风声表示有人要暗杀城市猎人，不知道这名女子究竟是敌是友？

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

由于一个错误，魔王被召唤了出来，世界被黑暗包围，人们绝望的死去。为了对抗黑暗，希望之光也在聚集。七个英雄来到了迷宫，光明战胜了黑暗。活下来的六个人成为了挽救世界的英雄。他们是手握圣剑的瓦利斯王白银骑士法恩；拥有魔剑碎魂的暗黑皇帝，赤发佣兵贝鲁特；掌握所有魔法知识的荒野的贤者渥特；守护着大地，纯洁的玛法神官妮丝；失落的石之王国国王，矮人弗雷贝；最后一个是没留下姓名的魔法使者。然而，罗德斯岛的动荡局面并没有从此结束，三十年后……

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……

为了备考，落榜生五代裕作（二又一成配音）入住了名为“一刻馆”的集体公寓中，他即将在这里展开充满了曲折与汗水的新的奋斗旅程。除了裕作外，一刻馆中还住着各种各样稀奇古怪的人们——喜欢打听别人家长里短的太太一之濑花枝（青木和代配音）、神出鬼没有偷窥癖好的四谷（千叶繁配音）、个性直爽又认真的六本木朱美（三田友子配音），在这些人的“陪伴”下，裕作觉得自己和理想之间的距离越来越遥远了。音无响子（岛本须美配音）是公寓的管理员，也是裕作心目中的女神，在他心情落入低谷只是，只要响子的一句话、一个笑容，裕太就能重新找回自信。横亘在裕太和响子之间的，除了高富帅三鹰瞬（神谷明配音）外，还有响子死去的丈夫，无法放下对于丈夫的思念，使得响子常常陷入悲伤之中。裕作能够实现自己的理想吗？他和响子之间的恋情又是否可以开花结果呢？每一天，一刻馆中都在上演着有笑有泪的人生故事。

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。