数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

十九世纪中叶，维多利亚时代的大英帝国，工业革命方兴未艾，理性与进步似乎凌驾一切，标志了人类文明昂首进步的无限可能。就在第一次万国博览会揭幕前夕，住在伦敦的13岁少年雷•史汀（铃木杏AnneSuzuki配音）突然收到发明家祖父（中村嘉葎雄KatsuoNakamura配音）从美国寄来，称之为“蒸气球”（SteamBall）的神秘动力装置。同时间，英国情报组织，以及一个名为奥哈拉基金会的黑暗组织，都觊觎“蒸气球”所蕴含的惊人力量。雷因此而突遭一伙身份不明的人的袭击，雷只好带着金属球，踏上逃亡之路。为寻求真相雷来到美国，从父亲艾迪（津嘉山正种MasataneTsukayama配音）口中雷得知“蒸气球”依据全新机械理论所设计，可以产生一种划时代的庞大能源，足以供应整个国家所需。路途中，雷邂逅了美丽的富家千金斯嘉丽（小西真奈美ManamiKonishi配音）。从小娇生惯养，却偏偏爱上了雷，自愿跟随孤独的雷一起踏上了冒险之旅……所谓的科学，究竟是人们的希望？还是将会毁灭一切。本片的制作经历了整整9年，总制作费高达24亿日元。

动画剧场版《命运之夜——天之杯：恶兆之花》，是TYPE-MOON发售的文字冒险游戏《Fate/staynight》中第三条剧情线，简称“HF”或“樱线”。在故事中，圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。7位御主（Master）和7位从者（Servant）为了得到圣杯而相互厮杀的仪式被称为圣杯战争。「圣杯战争」发生十年后，冬木市再次迎来了战争，一股不安的氛围笼罩着全城。有人暗施诡计，让这场战争开始逐渐陷入混乱……

过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯——数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。

观束总二（岛崎信长配音）是一位各方面看来都十分平凡的高中男生，要说唯一的不同，那就是他对于双马尾发型有着超乎常人的热爱和执念。某日，一位名叫朵艾儿（内田真礼配音）的神秘女子突然出现在总二的面前，来自异世界的她的出现彻底改变了总二的一生。城镇之中忽然出现了大量来自异世界的怪物，彻底搅乱了人们平静的而生活，朵艾儿赋予了总二变身的力量，总二变身成为了红马尾战士（上坂堇配音），展开了和异形的殊死搏斗。随着时间的推移，津边爱香（相坂优歌配音）变身的蓝尾战士，神堂慧理那（赤崎千夏配音）变身的黄尾战士，依丝娜（日笠阳子配音）变身的黑尾战士纷纷加入战局。

在负责押送尸魂界王族秘宝“王印”的途中，一股神秘力量突然袭来，十番队虽奋力反击，却终究丢掉秘宝，日番谷冬狮郎（朴璐美配音）也在阵前莫名逃亡。不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一配音）从二番队队长碎蜂口中得知始末，之后遇见并救助了体力不支倒地的日番谷，继而得知袭击护送队伍且与日番谷交手的是一个早已死掉的死神草冠。这两个人当年曾是莫逆之交，他们的关系也让袭击事件变得扑朔迷离。日番谷的暧昧态度零十番队遭受软禁处罚，而草冠的背后有隐藏着怎样的势力和秘密？本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第二部剧场版。

本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/staynight》，是该游戏的Heaven’sFeel路线，简称“HF”或“樱线”，是该系列作品动画剧场版全三部作品中的最终章。在剧场版作品第二章黑化之后的樱吸收了众多Servant的灵魂后，被世间所有的恶控制，成为黑色圣杯的化身。最终，得知一切的士郎放弃了成为正义的伙伴，选择了保护樱...

故事发生在位于关东南部的川神市，春天来临，万物复苏，平凡的少年直江大和（神谷浩史配音）来到了川神学园，准备在这里开始全新的校园生活。刚刚开学，校园里是一副欣欣向荣的热闹景象，在这里，大和会遇见怎样有趣的伙伴，又会发生怎样有趣的故事呢？活泼开朗，古灵精怪的川神百代（浅川悠配音）、四肢发达，头脑简单的川神一子（友永朱音配音）、温文尔雅，温柔大方的黛由纪江（后藤邑子配音）、外冷内热，坚强韧性的椎名京（冰青配音），心高气傲，绝不认输的克丽丝蒂安妮·弗里德里希（伊藤静配音），围绕在大和身边的，正是这些性格迥异但同样善良正直的美少女们。

在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。然后，瀞灵廷被破坏了。露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前出现了某个影子。那个影子向露琪亚斩下镰刀，露琪亚的身体（心）之中像是有什麼东西消失了……同时，现世中感觉到异变的一护去找浦原。一护从浦原那裏听到了「瀞灵廷被破坏」的消息，便和魂一同去尸魂界。在崩坏的净灵廷中等待著一护的，是消除了和一护相关记忆的恋次等人。不仅仅是一护的事情，连露琪亚的事情都消失了。在死神面前虚化的一护，被当成了破坏净灵廷的犯人追杀……。尸魂界里到底发生了什麼？谜之两个黑影的真实身份是？露琪亚去了哪里？一护孤独的战斗开始了……。

这是，人类与超越人智的存在之间的诀别与共存的故事。社会上的大部分都交由名为hIE的人型机器人管理的世界。17岁的少年·远藤新人，某天与一台人型机器人·蕾西亚相遇，并与之缔结了主从契约。外表与人类一模一样的“那个物体”，是具备震惊世界性能的超高性能AI所诞生出来的，超越人智的五台人型机器人“人类未到产物”之一——。五台机体各自拥有自身的意义，为了得到对方的性能而开战。仅仅只能旁观这场战斗的大人们，与接近这一存在、试图建立新的关系的少年们。他们寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。过度进化的机械，与人类世界的联系是什么？在过于便利的这个时代，什么是重要的，什么是必要的，新人通过与远优于人类的人型机器人·蕾西亚的相遇，寻求着通向未来的选择，以及人类与物体之间关系的答案——。