保科恭子（铃木梨央饰）、土井友彦（中川翼饰）和酒井美和（芮成穗饰）是就读于“阳光学苑”的同学，这所学校建造在崇山峻岭之中，与世隔绝。堀江龙子（伊藤步饰）是学校里新上任的老师，尽管一开始是被学校的教育理念所吸引才来此处工作的，但随着时间的推移，龙子却开始感到校园之中萦绕着一种诡异的气氛。某日，校长找到了恭子、友彦和美和，告诉他们三人身上都背负着特殊的使命。一晃眼多年过去，三人长大成人走入社会，恭子（绫濑遥饰）和友彦（三浦春马饰）恋爱了，而美和（水川麻美饰）亦喜欢着友彦。当他们命中注定的使命到来之时，三人会以怎样的姿态来面对人世间的黑暗和绝望呢？

宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史RegildCentury(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯CapitalTower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的PhotonBattery，故被视为是圣地。其守护组织CapitalGuard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MSG-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。