鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待他们的，是HiME力量的秘密与宿命的束缚。

新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。在相互坦白了暗恋对象后，龙儿和大河决定结成统一的恋爱战线，利用相互的帮助来完成各自的恋爱蓝图。但现实并没有想象的那么简单，在重重的误会和波折之中，两人似乎对对方都产生了超越友谊的情感。

茜（吉冈里帆配音）和葵（若山诗音配音）在很早之前失去了父母沦为孤儿，为了照顾妹妹，茜放弃了和当时的恋人金室慎之介（吉沢亮配音）前往东京的计划，留在家乡找了份工作，扮演起了母亲的替代角色。一晃眼就是13年过去。如今，葵出落成为了大姑娘，身为一名高二学生，葵并没有将心思放在考试和升学上，每天都漫无目的的弹着贝斯，毫无干劲。茜将这一切看在眼里，感到非常的着急。某日，镇上举办了音乐会，在现场，葵意外的发现了金室慎之介的身影，他回到了这个小镇上！与此同时，13年前年仅18岁的慎之介亦穿越来到了姐妹两人的身边。

在牧野间长大的本须和秀树（杉田智和配音）因不甘心投报东京的大学失败，毅然决定来东京上补习学校。在东京街头，秀树发现街上随处可见人形电脑，在这个时代无比流行。他们有着和人别无二致的漂亮模样，连皮肤的触觉都很柔软。穷学生秀树也很希望拥有一台但碍于其高昂的价格，只能远观。夜晚在回公寓的路上，秀树在垃圾堆里发现了少女模样的人形电脑。秀树将其扛回家，启动开关的同时也至此改变了自己的人生。苏醒的人形电脑由于只会发出“叽”的声音，因此被命名为小叽（田中理惠配音）。在秀树的教导下，小叽如同婴儿般渐渐成长，也让秀树发现了小叽与其它人形电脑的不同。有着自己意识，而非电脑程序操控的叽渐渐对秀树心生好感，但电脑与人，机器与肉体，复杂的情况让二人踯躅不前。除了秀树和小叽，还有其它人与人形电脑的故事，或悲伤或感动，在高科技的时代依然上演着最本真的温情故事。